工程建设单位与代建单位的区别在于，工程建设单位指的是工程项目建设的承建单位，比如，兰州市城关区人民医院的建设，由甘肃省第四建筑工程技术有限公司承建。而代建则指的是代理，代替，比如，兰州市城关区人民医院某一工程项目由白银市第二建筑工程技术有限公司代理建设。
如果来总结一下，主要区别大致是：
一是属性不同。
工程建设单位是工程项目的承建方，属于总承包商。
代建单位是工程项目的分项承建方，属于分包商。
二是权限不同。
工程建设单位是对整体工程项目管理的权限。
代建单位仅对部分工程项目管理的权限。
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